El cantón El Empalme, tiene un clima húmedo debido a las continuas lluvias que se descargan en las estribaciones del cordón montañoso del litoral o costa.
Posee dos estaciones perfectamente marcadas, la estación invernal que se presenta entre los meses de Diciembre a Mayo y la estación de verano que se presenta entre los meses de Junio a Noviembre.

El territorio del cantón El Empalme, es muy irregular y presenta montículos, colinas y elevaciones de hasta 300 metros de altura, la columna vertebral del sistema orográfico se encuentra entre los ríos grandes de Daule o Balzar y el Peripa conocido como la Puntilla o Península. Es una cordillera que separa a estos dos afluentes y sus ríos en gran número y formando sinuosidades que van conformando y aumentando el caudal del Peripa y este que deposita sus aguas en el río Daule. Así también se presentan elevaciones de regular altura entre el río Peripa y el río Congo para seguir descendiendo entre los ríos Congo y Macul.